Teniendo en cuenta la necesidad de ampliar la base del conocimiento de uno de los países con mayor diversidad biológica en el mundo, en cumplimiento de la función de contribuir a la conformación del inventario nacional de la biodiversidad y como una propuesta concreta para dar respuesta a la Agenda de Investigación en Sistemática para el Siglo XXI, en el año 2000 el Instituto convocó al Invemar, al ICN y al Missouri Botanical Garden para producir Biota Colombiana, como una estrategia para la divulgación y compilación del inventario nacional de la biodiversidad, a través de grupos taxonómicos y regiones. Si bien inicialmente comenzó como la publicación de listados de especies, hacia 2005 la revista amplió su espectro temático hacia sistemática y biogeografía y en la actualidad es la única publicación de carácter científico del Instituto.
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